이클립스에서 new 생성으로 들어가면 Git 항목이 보입니다.
Git Repository를 선택하고 next버튼을 클릭하면 repository를 생성할수 있는 창이 뜹니다.
생성된 레파지토리는 Local Repository에 생성되어지고 후에 Remote Repository 와 연계해서 분산환경을 구축하면 됩니다.
이클립스환경에서 레파지토리를 생성하고 이 레파지토리를 프로젝트로 활용하는것은 좋은 습관이 아니라고 합니다.
향후에 하위 프로젝트를 생성해서 관리해야 한다면 또 레파지토리를 만들어서 해야 되니깐요.
레파지토리는 최상위 프로젝트의 이름을 따서 생성하고 하위에 서브 폴더를 생성해서 프로젝트를 구조를 만드는게 좋을것 같습니다.